Conformément aux dispositions règlementaires et à ses statuts, le SEY est administré par un Comité ou sont représentées toutes les collectivités adhérentes (communes et EPCI) avec un nombre de représentants qui est fonction de la population.

Le Comité élit un Président et un Bureau. Le Comité délègue au Bureau un certain nombre de missions de fonctionnement prévues par le Code Général des Collectivités Territoriales et repris par un règlement intérieur (renvoi lien).

Certains membres du bureau peuvent obtenir des délégations sur des sujets pour lesquels ils possèdent des compétences et des affinités, et qui répondent aux attentes et besoins des collectivités adhérentes.